早在80年代，美国内镜医生首次将超声检查与普通内镜相结合，由此开创了超声内镜（EUS）技术在临床中应用的先河，一直以来EUS主要应用于消化道及胰胆管系统的诊治。

在胆道、胰腺疾病中，CT虽然提供了脏器实质，形态等特性，但有辐射性，且并没有对胆管解剖充分评估。核磁共振、核磁共振胰胆管成像提供详细的内在组织评估和胰腺导管的特性，但需要时间较长，图像采集成像钙化相对较差。EUS能对脏器实质和导管的解剖提供了较好的评估，并能获得组织活检和漏积液标本，进而明确诊断。另内镜超声引导下的细针吸取细胞学检查不同于体表超声引导下或者CT引导下的穿刺，EUS可明显缩短超声探头与病灶的距离，目前主要应用于胰腺、肾上腺、纵膈及肺部病变、直肠及消化道临近肿块的穿刺活检。

超声内镜也已在早期胃癌分期及治疗方式具备应用价值，通过超声内镜既可直接观察黏膜表面的病变形态，又可进行超声扫描清晰地观察胃黏膜的层次、结构变化，不仅能准确地测定胃壁各层厚度，观察邻近脏器和组织，鉴别壁内病变和壁外压迫，术前超声胃镜可较准确地评价肿瘤大小、病理分化程度。对于内镜下切除肿瘤后的组织学分期和治疗，超声内镜可用于评估可疑淋巴结转移。在食管胃底静脉曲张患者,行静脉套扎术后可在EUS引导下曲张静脉内硬化剂注射治疗，并可对治疗后静脉闭塞的情况进行有效评估。对减少静脉曲张复发及预防再次出血更具优势。

近年来对于晚期腹腔肿瘤患者内镜超声引导下腹腔神经丛阻滞术 ( Endoscop icultrasonography guided celiac plexus neurolysis, EUS-CPN ) 被广泛用于减少来自上腹部器官的疼痛。它主要用于治疗胰腺癌疼痛，还可减轻慢性胰腺炎引起的疼痛。进展期及晚期胰腺癌常会引起患者剧烈疼痛，常由癌症侵犯腹腔神经丛而引起，为神经源性疼痛。虽然传统上常用中枢镇痛药以缓解疼痛，但疼痛对于药物有耐受性，因此治疗效果不佳。内镜超声引导下腹腔神经丛阻滞术的方法能够在腹腔神经节区域注射药物，目前在治疗胰腺癌痛上被广泛应用。胰腺癌患者的内脏神经将疼痛由腹腔神经丛下投射于脊髓阶段而产生疼痛，治疗此类疾病的关键是阻滞腹腔神经丛。在内镜超声下，可以清晰地显示腹腔干根部与腹主动脉，从而准确地定位腹腔神经节。在内镜超声引导下，将无水乙醇注于腹腔神经节区域，能够造成神经丛损伤以中止疼痛的传导，缓解患者的疼痛症状。此种手术方法在诊断胰腺癌的同时可以对腹腔神经丛进行阻滞，操作简单，定位准确，能够有效地避免并发症的产生。